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SWD-4000高温电泳胶的迁移速率受哪些因素影响?

2020-03-24 10:10:41

SWD-4000高温电泳胶主要在DNA制备电泳中作为一种固体支持基质,其密度取决于SWD-4000高温电泳胶的浓度。在电场中,在中性pH值下带负电荷的DNA向阳极迁移,其迁移速率由下列多种因素决定:

■DNA的分子大小

线状双链DNA分子在一定浓度SWD-4000高温电泳胶凝胶中的迁移速率与DNA分子量对数成反比,分子越大则所受阻力越大,也越难于在凝胶孔隙中蠕行,因而迁移得越慢。

■SWD-4000高温电泳胶浓度

一个给定大小的线状DNA分子,其迁移速度在不同浓度的SWD-4000高温电泳胶凝胶中各不相同。DNA电泳迁移率的对数与凝胶浓度成线性关系。凝胶浓度的选择取决于DNA分子的大小。分离小于0.5kb的DNA片段所需胶浓度是1.2-1.5%,分离大于10kb的DNA分子所需胶浓度为0.3-0.7%,DNA片段大小间于两者之间则所需胶浓度为0.8-1.0%。

■DNA分子的构象

DNA分子处于不同构象时,它在电场中移动距离不仅和分子量有关,还和它本身构象有关。相同分子量的线状、开环和超螺旋DNA在SWD-4000高温电泳胶凝胶中移动速度是不一样的,超螺旋DNA移动较快,而开环双链DNA移动较慢。如在电泳鉴定质粒纯度时发现凝胶上有数条DNA带难以确定是质粒DNA不同构象引起还是因为含有其他DNA引起时,可从SWD-4000高温电泳胶凝胶上将DNA带逐个回收,用同一种限制性内切酶分别水解,然后电泳,如在凝胶上出现相同的DNA图谱,则为同一种DNA。

■电源电压

在低电压时,线状DNA片段的迁移速率与所加电压成正比。但是随着电场强度的增加,不同分子量的DNA片段的迁移率将以不同的幅度增长,片段越大,因场强升高引起的迁移率升高幅度也越大,因此电压增加,SWD-4000高温电泳胶凝胶的有效分离范围将缩小。要使大于2kb的DNA片段有效分离所加电压不得超过5V/cm。

■嵌入染料的存在

荧光染料溴化乙啶用于检测SWD-4000高温电泳胶凝胶中的DNA,染料会嵌入到堆积的碱基对之间并拉长线状和带缺口的环状DNA,使其刚性强,还会使线状DNA迁移率降低15%。

■离子强度影响

电泳缓冲液的组成及其离子强度影响DNA的电泳迁移率。在没有离子存在时(如误用蒸馏水配制凝胶),电导率较小,DNA几乎不移动,在高离子强度的缓冲液中(如误加10×电泳缓冲液),则电导很高并明显产热,严重时会引起凝胶熔化或DNA变性。


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